美科學(xué)家完成炭疽基因組測(cè)序
據(jù)美國(guó)《發(fā)現(xiàn)》雜志最近報(bào)道,美國(guó)喬治亞理工學(xué)院科學(xué)家使用一種稱為“RNA測(cè)序”的新技術(shù),描繪出了炭疽芽孢桿菌的基因表達(dá)。這標(biāo)志著可全面定義任何細(xì)菌轉(zhuǎn)錄,并為研究細(xì)菌如何調(diào)控基因表達(dá)提供了更多細(xì)節(jié)。
喬治亞理工學(xué)院光電系統(tǒng)實(shí)驗(yàn)室的研究人員表示,細(xì)菌的基因組測(cè)序已是相當(dāng)普通的事情,但要更深層次地定義其轉(zhuǎn)錄是一件非常艱巨的任務(wù)。使用傳統(tǒng)方法,實(shí)際上一次只能確定一個(gè)基因,即使是研究最為廣泛的物種,要對(duì)其進(jìn)行完整意義上的轉(zhuǎn)錄也是遙不可及之事。RNA測(cè)序方法使科學(xué)家們得以克服傳統(tǒng)方法的局限,以非常詳細(xì)的方式觀察B型炭疽基因組的5000多個(gè)基因中的每一個(gè)基因的表達(dá)和調(diào)控。
RNA測(cè)序方法通過(guò)使用一種稱為高通測(cè)序的技術(shù)來(lái)實(shí)施,可同時(shí)對(duì)數(shù)百萬(wàn)個(gè)信使RNA進(jìn)行測(cè)序。雖然這種方法在2008年曾被用來(lái)定義一些真核有機(jī)體的轉(zhuǎn)錄,但其難以適用于細(xì)菌,因?yàn)榧?xì)菌信使RNA具有不同的結(jié)構(gòu),且不易和細(xì)胞中的其他RNA相分離。
為了解決這個(gè)問(wèn)題,喬治亞理工學(xué)院和生命技術(shù)公司的研究人員開(kāi)發(fā)了一套可讓RNA測(cè)序適用于任何細(xì)菌的程序。
在使用這種技術(shù)研究B型炭疽的過(guò)程中,研究人員對(duì)收集自不同條件下生長(zhǎng)的B型炭疽細(xì)胞進(jìn)行了測(cè)序。他們采集了超過(guò)2億7千萬(wàn)個(gè)序列“標(biāo)記”,其中每一個(gè)序列相當(dāng)于一個(gè)RNA分子的短片段,然后,他們使用自己開(kāi)發(fā)的定制軟件工具將其拼接在一起。
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